超凈工作臺使用前必須作必要的檢驗和調試。因為凈工作臺所處的環境各異，只有經過適當的檢驗和調試，才能大限度地發揮設備的作用。
在調試前應為機器選定1個較好的環境。將其置于房間間有空氣消毒設施的無菌室是好的，如果條件不具備，就應將機器安放于人員走動少、較清潔的房間中。調整各腳的高度，以保證穩妥和操作面的水平。超凈工作臺的供電應采用1條專門電路，以避免電路過載造成空氣流速的改變。與簡陋的無菌罩相比，凈臺具有允許操作者自由活動，容易達到操作區的任何地方。
紫外線殺菌燈和照明用日光燈是超凈工作臺的標準配置，鼓風機空氣流動的動力，這些部件是否正常工作是一目了然的。困難也是重要的是檢查空氣濾板及其密封性，它直接關系到機器的正常使用。簡單的檢查方法是營養瓊脂平板法。新購買的和久置未用的超凈工作臺除用紫外燈等照射外，好能進行熏蒸處理，然后在機器處于工作狀態時在操作區的四角及中心位置各放1個打開的營養瓊脂平板，兩小時后蓋上蓋并置37℃培養箱中培養24小時，計算出菌落數。平均每個平皿菌落數必須少于0.5個。
